Миссией Центра компетенций является распространение органического сельского хозяйства на территории Российской Федерации как основного элемента устойчивого развития сельских территорий.

Целью деятельности Центра компетенций является объединение всего спектра знаний в области органического сельского хозяйства и стимулирование процесса динамичного развития данного сектора в Российской Федерации путем предоставления компетентной экспертной поддержки в соответствии с будущим планом действий Российской Федерации в области органического сельского хозяйства. А также ФГБОУ ВО Ярославская ГСХА была принята в Национальный органический союз.